Das Christentum hat im Linthgebiet eine ins 7. Jahrhundert zurückreichende Wurzel. Wenn auch der hl. Gallus bei der damals heidnischen Alemannenbevölkerung auf wenig Gegenliebe stiess, so stand doch im Jahre 741 das Klösterchen Babinchova, die Keimzelle der heutigen Pfarrkirche, in dieser Gegend am Tuggenersee. Die Anfänge der Pfarrei Benken gehen auf den Hof Babo zurück, welcher dem erwähnten Reichenauer Klösterchen den Namen gab.

Der Benkener Hof umfasste etwa das heutige Gebiet der Gemeinden Benken, Kaltbrunn, Maseltrangen, Rieden und Gommiswald bis zum Regulastein und zum Speer. In Urkunden vom 19. November 744 wird der Name Benken - Babinchova - zum ersten mal erwähnt. Die Leute von Babinchova hatten bereits im 8. Jahrhundert ihre kirchliche Betreuung.

Die Pfarrei steht bis heute unter dem Schutz der beiden Kirchenpatrone Peter und Paul. Nach und nach wurden durch die Jahrhunderte die einzelnen Gemeinden von der Mutterkirche Benken abgetrennt (im 9. Jahrhundert Kaltbrunn, in der zweiten Hälfte des 18. Jahrhunderts die Gemeinden Gommiswald, Rieden und Maseltrangen.) Immer noch besteht eine Mess-Stiftung "für die ehemaligen Pfarreiangehörigen von Maseltrangen und Rieden".

In den Jahren 1792 - 1795 bauten die Benkner ein neues Gotteshaus, nachdem das alte im Laufe der Jahrhunderte baufällig geworden war.

Diese Kirche erhielt 1917/1918 bei einer umfassenden Restaurierung die heutige Grösse und den neubarocken Stil.

Das heutige Aussehen verdankt die Pfarrkirche der Innenrestauration, die 1985 mit der feierlichen Weihe des neuen Altares und später mit dem Einbau einer herrlichen Orgel abgeschlossen werden konnte. Der schöne, helle Raum mit dem neu gestalteten Volksaltar ist einladend und trägt zu einer guten Gottesdienst-Atmosphäre bei.